Lúc khởi đầu, Kitô giáo là một tôn giáo thống nhất. Nhưng rồi vào giai đoạn đầu Trung cổ, sự tách ly giữa Kitô giáo ở phía đông và phía tây châu Âu dần dần ngày càng được mở rộng ra. Ở phía tây, địa vị của Tổng giám mục thành Rome ngày càng cao và sau này họ xưng là Giáo hoàng. Giáo hội ở Rome được xem như một tổ chức chính trị đặc biệt và có tiếng nói quyết định trong nhiều sự kiện ở Tây Âu. Ở phía đông, Tổng giám mục thành Constantinople là người đứng đầu giáo hội, nhưng khác với Tây Âu là vẫn phải chịu sự chỉ huy của hoàng đế Byzantine.

Đến thế kỷ 11, hai bên mâu thuẫn gay gắt và cuối cùng đi đến việc khai trừ giáo tịch lẫn nhau. Đó gọi là cuộc Đại ly giáo Đông Tây. Từ đó ở phương Tây trở thành Giáo hội Công giáo Rôma, còn ở phương Đông trở thành Giáo hội Chính Thống giáo Đông phương. Mặc dù không thật sự khác nhau nhiều lắm về đức tin, nghi thức, v.v... nhưng hai giáo hội này hoàn toàn độc lập với nhau. Ngoài ra còn có Kitô Celtic ở đảo Anh là một nhánh độc lập với hai giáo hội trên.

Ở Tây Âu, Giáo hội Công giáo là tổ chức duy nhất từ thời La Mã hầu như không bị người man tộc xâm phạm sau sự sụp đổ của Đế chế Tây La Mã. Chính vì vậy mà chỉ ở những cơ sở tôn giáo này mới còn giữ lại được các thành tựu của nền văn hóa cổ đại. Giai đoạn đầu Trung cổ chứng kiến sự cải đạo mạnh mẽ của các man tộc, như đã đề cập rải rác ở các phần trên. Khi bắt đầu giai đoạn giữa Trung cổ thì chỉ còn bán đảo Scandinavia, vùng Baltic, và một số vùng Finno-Ugric là chưa được cải đạo.